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【审稿人回复原文】:作者进行了广泛的分子对接实验,以预测各组分与PTGS2和MMP9等靶点的结合情况。然而,作者本人也承认:“对组分与靶点结合的直接生化验证仍是未来工作的重点。”若未通过表面等离子体共振(SPR)、微尺度热泳动(MST)或细胞热移位分析(CETSA)等技术进行结合实验验证,仅依赖计算模拟作为核心机制支持,则属于低水平的证据。
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投稿植物医学期刊,分子对接和虚拟筛选做得再漂亮,也怕审稿人一句:“没有SPR、CETSA或MST,凭什么说计算结果可信?”
: ^' \4 A3 n4 U这个问题戳中的是计算研究的核心软肋——你证明的是“理论上能结合”,但没证明“实际上真结合”。
; N" Q" }& \- b: y/ O【审稿人的想法?】
" g, r" s. b+ J( S2 B! p" _计算机模拟的本质是用算法逼近真实,但逼近不等于等于。分子对接假阳性率不低,预测得分高的分子实际完全不结合的案例比比皆是。审稿人要的不是你算得多精确,而是一个能证明“计算预测”与“物理现实”对应的实验证据。逻辑跟生信分析后需要qPCR验证是一样的。$ i6 e$ L# V6 l0 ~( Q
【为什么是SPR和CETSA?】- ?$ ]1 r$ h% M) X \
这两个技术之所以被频繁点名,是因为它们刚好能回答两个核心问题:
3 @/ h) y& S1 fSPR(表面等离子体共振) 回答的是:这个分子到底能不能结合靶蛋白?结合强度是多少? 它不依赖标记,能实时监测结合和解离的过程,给出KD值(平衡解离常数)。在药物-靶点互作研究中,SPR数据目前被公认为最硬实的证据之一。' W& a; s1 ?4 v( J* E" e& u
CETSA (细胞热位移测定) 回答的是:在细胞里这个分子也能结合靶蛋白吗? SPR 用的是纯化蛋白,脱离了细胞环境。 CETSA 恰恰补上了这个缺口——药物与靶蛋白结合后,靶蛋白的热稳定性会提高,通过加热细胞后检测靶蛋白残留量,就能判断细胞内是否发生了真实的结合。
. O) o" y/ k! Y. ^$ E# n【怎么选、怎么做?】
( K, D! C) S) p* O: D l5 P2 u$ d有纯化蛋白→做SPR,单浓度筛选快速判断,有信号再测KD。
' x) X' g- B' D0 q( x' L8 z只有细胞裂解液或活细胞→做CETSA,不要求高纯度蛋白,提供细胞原位结合证据。
+ C' k. d0 B: I3 r) ` N条件都有限→MST做替代,样品消耗少,溶液体系检测,要求比SPR宽松。; N& P% ]- C. ?/ n7 F& j g
至少选一个,是回应审稿人的底线。
- Z" e4 b+ ]9 s; F7 P3 a( W2 F【归根结底是研究设计问题】2 w" B; t t" ], P# ]1 ~8 Z& T. a
计算和实验脱节,是这类稿件的老毛病。审稿人看到的是一段断掉的证据链——有预测,无证实。# h7 f% \- j0 U3 U# [# d( G. [
与其返修时被逼着补实验,不如设计之初就想清楚:计算结果用什么实验来背书?
; _9 f3 g$ }2 q d7 o# f审稿人信的从来不是算法,而是真实世界里实实在在的结合信号。把这条证据链接上,计算的价值才能真正被认可。
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